Delineate
Extension 3D Slicer pour la radiothérapie interne du foie : segmentation IA, recalage d'images et dosimétrie voxel réunis dans un seul outil clinique.
Contexte
La radioembolisation Y-90 est un traitement de radiothérapie interne du foie qui s'appuie sur une chaîne d'imagerie longue : segmentation du foie et des tumeurs, recalage entre IRM diagnostique et imagerie de travail (SPECT/CT, PET/CT), puis calcul de la dose reçue par les tissus. Ces trois étapes avaient chacune fait l'objet d'une thèse de recherche distincte au sein de l'équipe IFTIM, mais restaient des prototypes séparés, non pensés pour être utilisés en routine clinique.
L'objectif du CDD était de consolider ces travaux de recherche en un seul logiciel intuitif, accessible aux cliniciens, directement intégré à 3D Slicer, le logiciel d'imagerie médicale open source de référence en recherche clinique.
Ce que fait l'outil
Delineate se présente comme trois modules Slicer, utilisables indépendamment ou à la suite :
Segmentation
Recalage
Dosimétrie
- Segmentation — repérage automatique du foie et des tumeurs par deep learning, avec export RTstruct standard.
- Recalage — alignement automatique entre IRM diagnostique et imagerie de travail, en plusieurs étapes de plus en plus précises.
- Dosimétrie — calcul de la dose reçue par les tissus selon deux modèles physiques complémentaires, avec génération d'histogrammes dose-volume.
L'architecture sépare systématiquement l'interface Slicer de la logique métier, elle-même isolée dans des modules Python indépendants de Slicer — ce qui les rend testables en dehors de l'application et permet plusieurs modes de déploiement (poste local, serveur distant, ou hybride).
Fiabilité & validation
Un outil destiné à un usage clinique doit pouvoir être vérifié, pas seulement démontré. C'est le point sur lequel j'ai le plus investi : chaque module dispose de sa propre suite de tests, exécutable à la fois dans Slicer et en environnement autonome (CI GitLab), avec un seuil de qualité explicite plutôt qu'un simple résultat ponctuel.
L'export systématique au format DICOM (RTstruct, RTdose) n'est pas un détail : c'est ce qui permet à un résultat produit par Delineate d'être directement relu par les systèmes de planification de traitement et les PACS hospitaliers, sans étape de conversion manuelle source d'erreurs.
Où en est le projet
Delineate est aujourd'hui référencé dans le catalogue officiel des extensions 3D Slicer (version stable 5.12). Le code est public sur le GitLab de l'IN2P3, avec une documentation utilisateur détaillée décrivant le protocole clinique complet, de l'IRM diagnostique jusqu'à la vérification post-traitement.